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petit guide sur la vaccination

Petit guide d’une conversation entre antivax et provax.

Résumé : Beaucoup de raisons ont été évoquées pour justifier le fait de ne pas se faire vacciner. Cet article reprend la plupart de ces justifications et les analyse au regard de la littérature scientifique sous la forme d’une conversation entre un provax et un antivax. Il apparaît que, sur la base des données scientifiques, il n’y a pas de bons arguments à ne pas se faire vacciner. Cependant, on peut avoir des raisons émotionnelles (la peur) ou politiques pour justifier la non vaccination. En tant que membre de la communauté, on ne peut pas exiger de quelqu’un qu’il se vaccine, mais cela ne signifie pas que les provax aient à rester silencieux. On peut encourager, en faire la requête. En définitive, il y a une multitude de raisons morales pour être vacciné,  mais ces raisons n’en font pas que c’est un devoir. C’est pour cela que cela semble plus judicieux d’inciter que de forcer. Néanmoins, dans la décision, il faut peser les pours et les contres. Au final, dans les contres, il y a la possibilité d’effets secondaires inconnus qui surviendront à un moment inconnu. Dans les pours, il s’agit de se protéger, de protéger les autres, de diminuer le risque d’apparition de nouveaux variants et d’éviter une nouvelle saturation des hôpitaux et donc un nouveau confinement.

Mots clés : efficacité du vaccin, effets indésirables, modification du génome, liberté, Luc Montagnier, Henrion-Caude, Bernard Rentier, covidrationnel. éthique, raisons morales, devoir.

  • Le vaccin ne fonctionne pas. La preuve, il y a encore des contaminations chez les personnes vaccinées.
  • Il est tout à fait normal d’avoir des personnes vaccinées qui développent la covid. Le vaccin n’est pas efficace à 100% mais à 95%. Cela signifie qu’au lieu d’avoir 100 personnes malades, on en aura 5. Le CNRS l’explique très bien dans cet article.
  • Les chercheurs qui disent que ça fonctionne ont des conflits d’intérêt et sont à la botte des grands groupes pharmaceutiques.
  • Si on ne peut pas exclure des conflits d’intérêt avec les grands groupes pharmaceutiques de certains chercheurs, toutes les données vont dans le même sens : l’OMS, le CDC aux USA, l’ANSM, l’inserm, l’institut pasteur, le NHS du Royaume-Uni, celles du Canada qui vaccine dès 12 ans, les essais contrôlés randomisés des différentes études, comme le montre cette méta-analyse. Si le vaccin n’était pas efficace, il devrait y avoir au moins une étude publiée dans une revue sérieuse qui mettrait en avant les dangers du vaccin mais, à ma connaissance, il n’y en a pas.
  • Oui, mais il y a plein de blogs, y compris avec des chercheurs, ou des chercheurs qui sont sur des plateaux TV qui disent qu’ils se méfient.
  • Tout le monde a le droit d’avoir son opinion mais l’opinion qu’ils partagent sur les plateaux TV n’est pas une opinion qui a été expertisée par les pairs. On peut tous dire tout ce qu’on veut sur un blog (c’est d’ailleurs ce que je fais et mon opinion ne vaut pas grand chose, c’est pour cela que j’essaie de la justifier par des articles), sur les réseaux sociaux ou sur un plateau TV. Les deux seules sources d’informations qui comptent vraiment, ce sont les articles publiés dans des revues scientifiques et les chiffres officiels. Par exemple, on peut avoir le nombre d’effets indésirables liés aux vaccins aux USA si on cherche VAERS. Les données sont publiques.
  • Si ce n’est pas publié, c’est parce qu’ils sont censurés.
  • Cela signifierait que pratiquement tous les chercheurs et toutes les revues sont tenues par des personnes corrompues et que les agences gouvernementales indépendantes sont également corrompues. Cela signifierait aussi que les médecins dans les hôpitaux ne veulent pas soigner les patients, et qu’ils préfèrent vendre des vaccins même si cela entraîne des complications que de guérir les patients. Si la censure était réelle, comment explique-t-on qu’aux USA et au Brésil, plusieurs essais ont montré que l’hydroxychloroquine ne fonctionnait pas alors que Bolsanero et Trump disait que c’était un remède miracle. Pourquoi ces chercheurs ont pu publier ? Pourquoi en début d’épidémie, une des critiques faites aux médecin était que les médecins ne donnaient aucun traitement ? S’ils étaient à la botte des entreprises pharmaceutiques, ils auraient dû prescrire des médicaments inutiles.
  • Cela n’empêche pas qu’il y a eu des scandales sanitaires, comme celle du sang contaminé ou du mediator.
  • Il est tout à fait vrai qu’il y a eu des scandales sanitaires en France. Cependant, que ce soit en France ou à l’étranger, il y avait des signaux d’alarme, raison pour laquelle les protagonistes ont été condamnés. Par exemple, dès 1985, on savait que le virus du SIDA était transmis par le sang et qu’il était dangereux de transfuser des patients si les poches avaient été contaminées. Dès 1982, il y avait des signaux d’alarme de la CDC (centre de contrôle des maladies aux USA). De la même manière concernant le mediator, il n’y a jamais eu d’essai contrôlé randomisé en double aveugle montrant l’effet positif du mediator sur le diabète (qui est sa fonction initiale, bien qu’on s’en serve comme coupe faim). En revanche, il y a eu des signaux d’alerte au niveau international. L’isoméride (ou redux, nom du mediator aux USA) reçoit l’autorisation de mise sur le marché de la part de la FDA en 1996 et est retiré en 1997 en raison d’un risque accru de valvulopathies cardiaques. De même, il est retiré de la vente en Suisse en 1997. En 1998, la commission d’autorisation de mise sur le marché note l’absence d’efficacité du médiator. Bref, des organes officiels et des décisions prises dans d’autres pays auraient dû servir de signal d’alarme. Dans le cas, du vaccin, seul le vaccin d’astraZeneca a été associé à certaines complications (bien que rares) et certains pays comme la Norvège ont cessé de l’utiliser. Mais même dans des pays comme la Norvège, l’objectif est de vacciner pour la 32e semaine de l’année 90% de la population.
  • Pour les scandales sanitaires, c’est seulement plusieurs années plus tard qu’on les a connus.
  • A nouveau, c’est vrai, mais ces médicaments n’avaient pas été scrutés comme c’est le cas pour les vaccins de la covid. Par exemple, pour aucun médicament il y avait la nécessité de rester sur place pendant 15 minutes pour vérifier l’apparition d’effets secondaires. De la même manière, les procédures de surveillance n’ont jamais été aussi importants. Par exemple, le suivi et le traçage pour les vaccins anti-covid font l’objet d’une surveillance de l’european medicine agency jamais réalisée jusque-là.
  •  Pourtant, on voit bien qu’il y a beaucoup de personnes qui rapportent des effets secondaires.
  • Les effets secondaires sont même sans doute sous-rapportés, et généralement les plus graves sont rapportés. En France, sur près de 51 000 000 de doses de vaccins administrées, il y a eu 55349 effets indésirables qui ont été rapportés, dont 24% sont graves. Cela donne donc 0.28 cas graves pour 1000 personnes. Aux USA, le nombre d’effets indésirables est de presque 421 000 cas rapportés (voir les données du VAERS) sur 338 millions de doses administrées. Les proportions sont donc assez similaires.
  • Un risque de 1 pour 1000, c’est beaucoup.
  • C’est vrai, mais en l’occurrence, il y a moins d’une personne sur 1000. De plus, trois points doivent être pris en compte. Le premier est que tous les traitements ont des effets indésirables et que ces effets indésirables sont plus souvent rapportés quand la médiatisation est importante. Le second point, c’est que c’est le report des événements indésirables suite à la vaccination mais la vaccination n’est pas nécessairement la cause de l’événement. En effet, on peut mourir juste après avoir été vacciné, indépendamment d’une implication du vaccin dans l’origine du décès. Cependant, si on meurt quelques jours après avoir été vacciné, il est raisonnable de craindre que ce soit dû à la vaccination, mais ce n’est pas nécessairement le cas. Pour savoir si c’est dû à la vaccination, il faut que la fréquence à laquelle l’événement indésirable survienne soit plus élevée pour les personnes vaccinées que les non vaccinées. Dans le cas des vaccins, le CDC indique que le vaccin de Janssen & Janssen (et donc probablement l’AstraZeneca qui utilise la même technologie et qui n’est pas utilisé en Norvège pour cette raison) augmente le risque de thrombose chez 7 personnes sur 1 million.
  • Oui mais on ne connait pas les effets à long terme du vaccin. Des spécialistes craignent que cela ait des effets à long terme. Pour le moment, on manque de recul.
  • C’est vrai que personne ne peut prévoir l’avenir et que, possiblement dans 30 ans, on aura une épidémie de cancer dû à ce vaccin. Néanmoins, aucun traitement qui a été injecté une seule fois n’a jamais montré des effets 15 ans plus tard tout en ne montrant aucun impact directement après la prise du traitement. Ce qu’il faut également savoir, c’est que ces vaccins à ARN ne sont pas nouveaux, loin s’en faut. Il n’y a jamais eu un impact à long terme de ce type de technologie. Par ailleurs, il ne faut pas oublier que, sans vaccin, on s’expose au virus, dont on sait qu’il existe des formes longues. Dans tous les cas, on a le choix entre plusieurs technologies de vaccins, dont certaines sont éprouvées depuis longtemps et ces technologies n’ont pas montré de risque accru de cancer, ou d’autres maladies. Enfin, pour justifier cette crainte, il faudrait avoir des mécanismes explicatifs qui pourraient justifier l’hypothèse de ce lien.
  • Nous reviendrons sur le choix, mais pour le risque accru de cancer, le vaccin à ARNm peut modifier notre ADN. J’ai vu une spécialiste de l’ARN le dire.
  • La spécialiste en question, Henrion-Caude, n’est plus employée comme chercheuse depuis 2018. Elle est désavouée par ses pairs, notamment son mentor, le généticien Axel Kahn. Il ne faut pas non plus oublier qu’elle a une société, l’international research institue working to bring health to all, dont les objectifs ne sont pas bien clairs mais il semble qu’elle veuille que 80% des personnes en Afrique s’appuient sur les remèdes traditionnels pour se soigner. Le mantra de la société est qu’un citron et une cuillère de miel par jour garde le docteur éloigné. Bref, il est clair qu’elle a une attitude militante. Alors, il est vrai que ce n’est pas pour cela qu’elle a faux. Cependant, c’est à elle de faire la preuve de ce qu’elle avance et elle n’a pas publié d’articles avertissant la communauté scientifique des dangers des vaccins. Elle ne fait que parler dans des rassemblements antivax et d’extrême droite. Donc, tant qu’elle ne l’aura pas fait, on peut se montrer suspicieux.
  • Oui mais elle a quoi à y gagner ?
  • Est-on bien sûr que cette dame est désintéressée ? Est-ce que tu avais entendu parler de cette dame par le passé ? Est-ce que tu connaissais son entreprise ? Pour quelqu’un qui veut lever des fonds pour son entreprise ou vendre des produits basés sur la médecine traditionnelle, cela fait un sacré coup de publicité, non ?
  • Mais il y a aussi Bernard Rentier qui est virologue. Il sait de quoi il parle !
  • C’est vrai que c’est un scientifique et un virologue, spécialiste de la vaccination. Cependant, il n’a pas non plus publié dans des revues scientifiques ses inquiétudes par rapport au vaccin. Pourquoi ? Par ailleurs, des informations sur le blog de covidrationnel sont factuellement fausses ou incohérentes. Par exemple : analysons l’article de leur blog que tu me proposes. Les auteurs écrivent « Des cas de “COVID long” ont été décrits chez des adolescents et jeunes adultes. Il s’agit de pathologies mal définies et attribuées aux séquelles de l’infection, comme c’est le cas pour d’autres affections connues comme la mononucléose infectieuse par exemple. Ces cas sont pénibles et handicapants durant une période pouvant s’avérer longue mais n’ont pas de conséquences gravissimes. Notons qu’ils sont mal quantifiés. » Comment peut-on avoir un covid long (dont on ne sait pas combien de temps ils durent) qui soient à la fois mal quantitifiés, pour lesquels on considère que les séquelles sont handicapantes ET qui ne sont pas gravissimes (avoir des douleurs chroniques pendant des années, ce n’est pas gravissime ? De plus ce ne sont pas les seules effets à long terme. Une fatigue chronique ? Des séquelles pulmonaires ou neurologiques ? C’est quoi gravissime alors ? Il faut savoir que cela peut toucher tout le monde, même les personnes qui n’ont initialement eu aucun symptômes. De même, les auteurs écrivent « On a également pu relever une proportion marginale de cas de Syndrome inflammatoire multi-systémique pédiatrique, aux conséquences toutefois maîtrisables par traitement et sans séquelles lourdes à long terme. » Ici, il n’y a pas de référence et on ne sait pas à quoi correspond une proportion marginale ? 1%? 5%? 10% 20% ? On peut continuer : les auteurs citent le rapport du HAS pour indiquer que les adolescents sont moins à risque et ne développent pas de formes graves (ce qui est un peu tronqué, car les adolescents à risque peuvent développer des formes graves) mais ignorent les recommandations des pages 9 et 10 où le HAS souligne les bénéfices individuels et collectifs de la vaccination, y compris pour les adolescents. C’est ce qu’on appelle du cherry picking.

Les auteurs décrivent des données issues du Canada : « En date du 28 mai 2021, on comptait 259 308 cas confirmés d’infections au Sars-CoV-2 chez les Canadiens de moins de 20 ans 25. Parmi eux, 0,48% ont été hospitalisés, 0,06% ont été admis aux soins intensifs et 0,004% sont décédés. » Cependant, ces données (issues de leur propre référence) sont fausses. En effet, sur le site canadien (au moment de la rédaction de ce post, il y a eu 274021 cas chez les moins de 19 ans contre 259308 à l’époque, ainsi des différences de proportions peuvent difficilement s’expliquer par un nombre beaucoup plus importants de cas au moment de la rédaction de ce post) et le nombre de personnes hospitalisées dans cette tranche de la population est de ,9%, sachant que 1,2% vont en soin intensifs et 0,1 sont décédés. Pour qu’on comprenne les risques et les bénéfices, il est nécessaire de s’appuyer sur les bonnes valeurs. En l’occurrence, le risque de décéder de la covid est 25 fois plus importants que ce que les auteurs du blog écrivent. Les références sont souvent fausses. Par exemple, la référence 28 de leur article ne souligne pas des risques inconnus des vaccins mais explique les technologies utilisées, leur efficacité et les effets indésirables les plus fréquents. L’article 31 sur les effets des PEGs indique que c’est monitoré mais que rien ne permet de penser qu’il y a un lien de cause à effet à l’heure actuelle. Par ailleurs, s’il y avait un lien, cela concernerait les personnes allergiques aux vaccins qui ont déjà été exposés au PEG. On peut donc utiliser un autre vaccin, et cet effet anaphylactique toucherait une personne sur un million. Dans tous les cas, si on veut être prudent, les personnes qui présentent de fortes allergies devraient pouvoir bénéficier d’un filet de sécurité et ne pas se faire vacciner, mais pour protéger ces personnes, il faut que les autres personnes soient vaccinées. De plus, les PEG sont utilisés dans le shampoing, le dentifrice et une multitude d’autres produits du quotidien. Pourquoi est-ce que personne ne dénonce les dangers du dentifrice ? On peut néanmoins être prudent et aller vérifier les réactions anaphylactiques répertoriée dans le VAERS (en 2021) : elles s’élèvent au nombre de 299 (le 21 juillet) sur plusieurs centaines de millions de doses dont 30 situations n’avaient pas encore été résolues, 17 étaient à l’hôpital et 2 sont décédées (une femme de 79 ans avec obésité et la seconde est une femme enceinte qui a une réaction anaphylactoide de grossesse). Pour arriver à trouver ces informations, il faut combiner la base de données data et symptoms. Donc le risque de décéder d’un choc anaphylactique est de 2/334 millions. Il est à noter qu’on ne peut pas parler d’effet à long terme pour les allergies aux vaccins. Donc, ici le risque est connu.  Par ailleurs, dans la texte covidrationel, la référence 32 ne dit pas que le vaccin contre la dengue avait des effets négatifs à 3 ans (l’article dans Frontiers est d’ailleurs trompeur, il faut aller voir l’article d’Hadinegoro), mais que le vaccin ne protégeait plus aussi bien après 3 ans. Concrètement : au bout de 3 ans, ceux dans le groupe des personnes vaccinées qui ont développé la dengue malgré la vaccination avaient un risque plus important d’hospitalisation, mais ils avaient moins de risque de la développer comme l’indique cette citation de l’article original « Although the unexplained higher incidence of hospitalization for dengue in year 3 among children younger than 9 years of age needs to be carefully monitored during long-term follow-up, the risk among children 2 to 16 years of age was lower in the vaccine group than in the control group ». La référence 34 indique clairement que les inquiétudes sur les vaccins sont de la désinformations. La ref 40 porte sur un vaccin indien, qui ne nous concerne donc pas, et la conclusion est à nouveau que la vaccination reste recommandée. De manière intéressante, dans cet article, nous avons vu précédemment que le covid long ne devait pas être interprété comme ayant des conséquences graves. En parallèle de cela, les auteurs écrivent « Le lien de toutes ces pathologies avec le vaccin n’est pas encore clairement établi mais il est possible, voire probable. En toute hypothèse, ces réactions potentiellement lourdes ou invalidantes doivent être correctement documentées et doivent peser dans la balance bénéfices-risques. » Sachant que tous les cas de myocardites ont été résolus et que les personnes victimes sont rentrées chez elles après une journée d’observation, que les événements indésirables graves restent très peu fréquents, on a le sentiment qu’il y a deux poids/deux mesures dans l’évaluation des coûts/bénéfices.

Pour répondre à la question du bénéfice risque, il faut se demander ce que nous considérons comme un risque. En l’occurrence, le critère utilisé sera l’hospitalisation.D’après le CDC, il y a 1226 cas de myocardite rapportée sur près de 300 millions de personnes vaccinées. Pour 79% de ces myocardites, les symptômes étaient bénins. Donc, la probabilité d’avoir comme effet secondaire une myocardite est de 40 pour 1 millions.Prenons à présent, le risque d’aller à l’hôpital en étant jeune suite à la covid. D’après les données canadiennes (voir health infobase au canada), 1,9% des personnes de 0 à 19 ans qui ont la covid sont hospitalisées. Il faut à présent estimer la probabilité d’être infecté. En France, en 1 an et demi, il y a 6.15 millions de personnes infectées. Cette valeur est sans doute sous-estimée mais suffira pour l’estimation : la probabilité d’être infecté par an est de : (6.15 millions /67 millions de Français)X (12/18) (pour avoir le pourcentage de contamination par an sur une période de 18 mois d’épidémie), ce qui permet d’estimer le risque d’être contaminé à 6% par an.En considérant que tout le monde a la même probabilité d’être infecté (ce qui n’est pas le cas, les jeunes ont une probabilité plus importantes puisqu’ils peuvent se retrouver dans des événements super propagateurs comme des concerts ou les très prisées covid party), la probabilité d’être infecté et d’être hospitalisé à cause de la covid en étant jeune est de 0.06*0.02 , soit une probabilité de 1,2 pour 1000 d’être infecté ET d’être hospitalisé par an. Cette valeur est sans doute une sous-estimation (tout le monde n’a pas été identifié comme covid positif et les jeunes peuvent être plus à risque).Sachant que parmi les vaccinés, certains vont être touchés par la covid et vont avoir des complications, il faut rajouté ce risque au 40 personnes pour un million qui vont avoir une myocardite. Cela représente 0.004% des personnes vaccinées (toutes classes d’âge confondues, mais à nouveau, c’est sans doute une surestimation pour les jeunes qui sont moins à risque d’être hospitalisés puisque les symptômes se résolvent dans la plupart des cas sans hospitalisation). Cela fait qu’il va y avoir 8 personnes pour 100 000 qui vont avoir des complications en étant jeune suite à la vaccination, pour 1,2 pour 1000 chez les non vaccinés, soit un risque 15 fois plus élevé. Donc, le bénéfice risque est très clair, et le risque auquel s’expose le plus les vaccinés, ce n’est pas les effets secondaires du vaccin mais d’être tout de même contaminé et hospitalisé parce que, malheureusement, un vaccin (comme n’importe quel médicament) ne fonctionne pas à 100%. Cela ne s’arrête pas là puisqu’il y a des informations clairement trompeuses. Par exemple, lorsqu’ils écrivent que le vaccin ne freine « ni la propagation du virus d’individu à individu », ils écrivent des choses qui sont fausses, comme le montre une étude de l’institut pasteur, et plusieurs études, ou encore celle-ci aussi . Il ne faut pas non plus oublier que les personnes qui n’ont pas le virus ne le transmettent pas, comme le souligne des chercheurs du CNRS,  et comme le vaccin diminue la charge virale et que la charge virale diminue la transmission, on peut donc raisonnablement penser que cela diminue la transmission. D’ailleurs, si on reprend le scénario de l’institut pasteur, « les adultes non-vaccinés contribuent de façon importante à la pression sur l’hôpital. Dans notre scénario de référence, les personnes non-vaccinées de plus de 60 ans représentent 3% de la population mais 35% des hospitalisations. Les personnes non-vaccinées contribuent à la transmission de façon disproportionnée : une personne non-vaccinée a 12 fois plus de risque de transmettre le SARS-CoV-2 qu’une personne vaccinée. Du fait d’une couverture vaccinale faible, les enfants et adolescents représentent à peu près la moitié des infections alors qu’ils couvrent seulement 22% de la population. Par ailleurs, ils sont à l’origine d’à peu près la moitié des transmissions. »

  • Et Luc Montagnier, c’est tout de même un prix nobel de médecine. Il s’y connait tout de même, et sans doute plus que toi sur les virus. Il a découvert le virus du sida.
  • C’est tout à fait vrai que Luc Montagnier a un parcours plus qu’estimable. Cependant, depuis quelques années, il semble avoir délaissé la science pour des théories moins fondées, comme la télé-transportation de l’ADN, ou encore des essais cliniques sauvage à base d’antibiotiques pour traiter l’autisme. Donc, malheureusement, et sans publication dans une revue scientifique, on ne peut qu’être dubitatif devant ces déclarations.
  • Donc c’est sûr, ça ne modifie pas l’ADN ? Parce qu’on a d’autres experts qui disent que c’est dangereux.
  • Cette référence est clairement un fake news. On peut le vérifier très aisément en cherchant qui est le professeur Bridle, et surtout en regardant ses publications, où aucune étude n’est liée à la vaccination. D’ailleurs, le lien vers lequel renvoie Francesoir est un document à moitié masqué, ni fait ni à faire, soit disant de pfizer (donc pas de Bridle) et cela ne correspond absolument pas au canevas d’un article scientifique. Bref, un enfant peut identifier que ces informations sont fausses. En fait, si on peut voir sur certains sites de vulgarisation que ça ne modifie pas l’ADN, les choses sont un peu plus compliquées. Dans une étude publiée dans Nature, certains auteurs se montrent particulièrement optimistes quant à l’utilisation de cette nouvelle technologie et rassurants quant aux possibles effets indésirables. Cependant, dans une revue sur la question, des auteurs expliquent comment l’injection de matériel génétique pourrait modifier l’ADN chez des souris par exemple.
  • Donc, ceux qui s’inquiètent ont raison.
  • Pas tout à fait. Les choses sont plus nuancées que cela. Selon l’étude de Doerfler, à l’heure actuelle, on n’a pas de données (tout contexte confondu, donc bien au-delà des vaccins anti-covid) qu’une quelconque forme de traitement génique puisse être associée à l’apparition de tumeur, ou d’une quelconque autre maladie. Par ailleurs, l’intégration de matériel génétique est quelque chose que nous faisons constamment, ne serait-ce qu’en se nourrissant. En réalité, notre patrimoine génétique s’est construit de cette manière : par l’intégration de nouveaux éléments génétiques au cours des millions d’années et les intégrations qui fournissaient un avantage évolutionniste ont persisté. Dans tous les cas, il n’y a rien qui indique que cela pourrait être à l’origine d’une quelconque maladie, ou d’un quelconque cancer dans le futur.
  • Oui, mais là c’est un bout du virus.
  • C’est vrai. Néanmoins deux points doivent être apportés ici. Premièrement, le risque d’intégrer l’élément au génome est faible. Sans entrer dans trop de détails techniques, le risque absolu que de l’ARN s’intègre à l’ADN est faible. De plus, la probabilité qu’il s’intègre n’est pas la même en fonction du site (le muscle deltoïde ne représente âs un endroit favorable à cette intégration). Et, lorsqu’il s’intègre, le fait que ce soit intégré sur des parties codantes de l’ADN est faible (environ 1%). Cependant, si tu as peur d’avoir une modification de ton ADN, il faut savoir que si tu attrapes la covid, tu peux également intégrer le génome du virus à ton ADN. Sauf que les agents pathogènes du virus sont présents dans le virus et pas dans le vaccin, que le virus s’attaque à ton système respiratoire, cardiovasculaire et nerveux alors que le vaccin est dans ton muscle deltoïde. Donc, à ton avis, dans quelle condition le risque est plus élevé d’avoir des séquelles à long terme dû à des modifications génétiques ? Des chercheurs pensent en effet que les séquelles à long terme de la covid pourrait être dus à l’intégration du virus à l’ADN des personnes contaminées.
  • Mais il y a d’autres traitements qui semblent efficaces. On peut utiliser l’ivermectine.
  • C’est un peu surprenant de considérer que le vaccin est dangereux parce qu’il n’y a pas assez de recul, alors qu’il n’y a pas données corroborant les bénéfices de ce traitement chez l’humain. Certes, pouvoir étoffer l’arsenal thérapeutique est bienvenue mais on ne sait pas à l’heure actuelle, chez l’humain, si le médicament sera efficace contre la covid et quelles sont ses interactions avec le virus. Si c’est le cas, ce serait une excellente nouvelle. Par ailleurs, l’ivermectine est également associée à des effets secondaires potentiellement graves, comme des hépatites, ou des crises d’épilepsie. Il est donc étonnant d’avoir peur des effets secondaires du vaccin mais pas d’un autre traitement. Par ailleurs, aux usa des personnes ont dû être hospitalisées car elles ont ingéré de l’ivermectine destiné à un usage vétérinaire et la FDA continue à alerter les personnes contre l’utilisation de l’ivermectine hors AMM. Sans doute est-ce parce que tu as moins entendu parler de ces effets secondaires. A présent que tu es au courant de ces effets secondaires, préfères-tu un traitement dont on ne sait pas s’il marche mais dont on sait qu’il a des effets secondaires ou un traitement dont on sait qu’il marche et dont on sait que ses effets secondaires sont rares ? En réalité, tous les traitements ont des effets secondaires.
  • Bah, pas les traitements homéopathiques et naturels. De toute façon, moi c’est ce que je préfère.
  • Sais-tu que, par exemple, le Medorrhinum, un traitement homéopathique, est une biothérapique préparée à partir d’un lysat de sécrétions urétrales purulentes blennorragiques, prélevées sur des malades n’ayant pas encore été traités par des médicaments anti-infectieux.
  • Oui mais c’est dilué.
  • C’est vrai, mais c’est vrai aussi qu’il n’y a aucun essai clinique qui ait montré le moindre effet bénéfique de ces traitements, c’est-à-dire qu’il n’y a pas d’essai contrôlé randomisé en double aveugle qui montre leur efficacité. C’est étrange d’accepter de prendre des secrétions purulentes dont on sait qu’elles ne fonctionnent pas et de refuser un traitement qui fonctionne.
  • Oui mais je peux faire le pari que je ne serai pas contaminé.
  • En un peu plus d’un an, 6 millions de personnes ont été contaminées en utilisant des confinements et les gestes barrière pour ralentir la progression du virus. Ce nombre est sans doute sous-estimé puisque toutes les personnes contaminées n’ont pas forcément été détectées (elles ne se sont pas faites testées car elles étaient asymptomatiques). Penses-tu réellement qu’il est possible d’échapper indéfiniment au virus en ayant un retour à la vie normale ?
  • Dans ce cas, je peux attendre un peu avant de me faire vacciner car on n’a pas de recul sur le risque à long terme. Si, dans trois ans, on ne voit pas d’augmentation du nombre de cancer alors je le prendrai, et puis il y a tout de même des antécédents de cas graves sur les traitements géniques. J’ai entendu parler du cas de Jesse Gelsinger.
  • C’est tout à fait vrai. En 1999, il a été le premier à bénéficier d’un traitement génomique et il est décédé d’une inflammation systémique dans les jours qui ont suivi. Et c’est important, il est décédé rapidement après le traitement. Ici, les personnes ne décèdent pas.
  • S’il n’y avait vraiment aucun danger, alors pourquoi est-ce que je vois autant de personnes qui tirent la sonnette d’alarme et pourquoi l’autorisation de mise sur le marché est conditionnelle.
  • L’autorisation de mise sur le marché est conditionnelle car cela prend du temps d’analyser l’ensemble des données. De plus, la FDA vient d’accorder une autorisation totale pour le vaccin Pfizer. D’habitude, cela prend plusieurs années. Cependant, dans le cas de la covid, tout va beaucoup plus vite.   L’union européenne veut aller dans ce sens aussi. En réalité, les informations relatives à la dangerosité des vaccins sont issues d’une toute petite minorité de personnes. Aux USA, douze personnes serait à l’origine de 65% des informations fausses concernant les vaccins sur les réseaux sociaux. Donc, dans les sources de méfiance que tu rencontres, combien crée du contenu plutôt que ne le diffuse ? La seconde question qui se pose est combien de personnes parmi celles qui créent du contenu sont des sources fiables ?  c’est-à-dire des sources qui n’ont pas un intérêt (financier ou politique) à s’opposer à cette campagne de vaccination ?  A qui profite le fait de ne pas se faire vacciner ? Les gens qui vendent des traitements à base de plante, les opposants politiques (en France les plus férus antivax sont les personnes d’extrême droite. Voici une liste (non exhautive) d’articles scientifiques qui relie populisme, idéologie politique,  extrême droite avec ésotérisme, antivaccin, pro hydroxychloroquine. Pour illustrer l’ampleur de ce qui se passe, l’institut pasteur a dû faire un article sur les fausses informations le concernant, a attaqué les auteurs de ces attaques en diffamation et a gagné son procès, montrant que les accusations étaient infondées.
  • Oui mais pour produire un vaccin, il faut au moins 10 ans ! Ici, on a quelques mois de recul.
  • S’il fallait vraiment 10 ans, pourquoi Sanofi, qui est un concurrent de Pfizer, concurrent qui n’a pas encore proposé sasolution vaccinale, annonce qu’il faut entre 6 et 36 mois ? Sanofi aurait tout intérêt à dire que les autres vaccins ne sont pas efficaces pour gagner de temps et prendre des parts du marche, tu ne crois pas ?
  • Mais si le vaccin est si efficace, les personnes vaccinées seront protégées et cela relève de ma responsabilité de ne pas me faire vacciner.
  • Il faut se faire vacciner pour se protéger ET protéger les autres car même si on a que 2% de chances de développer une forme grave, c’est-à-dire une hospitalisation (pour les moins de 20 ans et 4% à 7% pour les adultes jusqu’à 40 ans), quand on a 40 000 cas par jour, cela fait 800 personnes par jour à l’hôpital, dont une partie vont en soins intensifs et meurent. Alors que, si tout le monde est vacciné, au lieu de 40000 personnes qui vont attraper la covid, on en aura 2000, et seulement 10 iront à l’hôpital car ils ont deux fois moins de chances de développer une forme grave. Donc, le risque de saturer les hôpitaux est beaucoup moindre avec 10 personnes par jour qu’avec 800 par jour.
  • Oui mais les personnes à risque sont vaccinées.
  • C’est vrai mais le vaccin n’est pas efficace à 100% mais à 95% (ou peut-être un peu moins pour les variants) En étant soi-même vacciné, on diminue le risque de transmettre le virus : on ne peut pas transmettre un virus qu’on n’attrape pas et ceux qui l’attrapent tout de même seraient moins contagieux que les non-vaccinés. Cela s’explique par le fait qu’ils développent des formes avec moins de symptômes et que la maladie dure moins longtemps chez les vaccinés. De plus, on risque moins d’être hospitalisé même si on attrape le virus alors qu’on est vacciné. Aux USA, à l’heure actuelle, 97% des personnes hospitalisées à cause de la covid sont non vaccinées. En France, les données vont dans le même sens. Enfin, le risque d’apparition de variants dépend de la transmission. Plus elle est élevée, plus le risque est élevé.
  • Mais pour cela, il faut que le monde entier soit vacciné.
  • C’est pour cela que l’union Européenne a acheté plus de 4 milliards de doses afin d’aider à vacciner dans les pays qui ont moins la possibilité de payer les vaccins.
  • Mais l’immunité naturelle me protégerait mieux.
  • Si cela a effectivement été montré pour d’autres maladies, il semblerait que ce ne soit pas le cas pour la covid, comme l’indique cette étude publiée dans Science.
  • Mais moi je ne suis pas d’accord d’enrichir les multinationales de la pharmacie avec mes impôts. Cela creuse encore plus le trou de la sécurité sociale.
  • Ok, peut-être mais de toute façon, les doses sont déjà payées, donc que tu te fasses vacciner ou non tes impôts ont payé ces doses. Et sais-tu que c’est aussi tes impôts qui payent les soins intensifs (en grande partie) et que cela coûte environ 3000 € par jour. Par ailleurs, certaines personnes jeunes font des formes graves et les symptômes persistent à long terme. On ne sait pas encore combien de temps, mais imagine que ce soit toute leur vie, tu vas payer avec tes impôts au travers de la sécurité sociale pour ces personnes pendant des années, sauf que tu ne sais pas combien ni pendant combien de temps. Maintenant, en faisant le calcul, on peut savoir quelle est la stratégie la plus économique. L’ancien prix du pfizer était de 15 euros, il est de quasiment 20 euros à présent. Admettons les 20 euros : 20 euros multiplié par 70 millions de Français, multiplié par 2 doses, ça coûte 2,8 milliards d’euros à l’état. Qu’en est-il des hospitalisations. Les données sur les hospitalisations sont publiques. Il y a eu depuis le début de l’épidémie 89940 jours d’hospitalisations en soins intensifs dus à la covid, (à 3000 euros par jour) et 412839 jours d’hospitalisation dans un service de médecine (à 1370 par jour). Cela signifie que la crise a coûté à l’état 835 millions pour les frais d’hospitalisation. Cependant, on ne compte pas ici les frais liés aux confinements, l’état a dépensé en plus 7,22 milliards par mois pour soutenir l’économie. Ici, on ne compte même pas les tests PCR et antigéniques. A 30 euros le test PCR, fais le calcul. Là, encore ce sont tes impôts qui ont payé cela. Dans tous les cas, les doses de vaccins ont été achetées, alors autant s’en servir.
  • Il y a tout de même quelque chose qui me chagrine : pourquoi ce vaccin doit être obligatoire alors que celui de la grippe ne l’est pas.
  • C’est vrai que celui de la grippe ne l’est pas mais la grippe est moins mortelle selon cette étude. En effet, la covid pourrait être 10 fois plus mortelle que la grippe, contrairement à ce que disent certains.  D’après l’OMS, elle pourrait même être 30 à 40 fois supérieure, et la covid est beaucoup plus contagieuse. Par ailleurs, en France, il y a 11 vaccins qui sont obligatoires. Les maladies pour lesquelles le vaccin est obligatoires ont été éradiquées ou quasiment alors que la grippe revient chaque année. Qu’est-ce qu’il y a de choquant à ce qu’un douzième le devienne ?
  • J’ai tout de même l’impression que je ne suis plus maître de ma destinée, que je ne peux pas faire les choix que je veux concernant le fait de prendre ou non le vaccin. On me prive de mes libertés fondamentales. La liberté, c’est tout de même la devise de la France.
  •  Comme la fraternité. Par ailleurs, il ne faut pas oublier ce que signifie la liberté. Cela ne veut pas dire qu’on a le droit de faire tout ce qu’on veut, comme on le veut, quand on le veut. On ne peut pas rouler à 150 sur les routes, on ne peut pas voler ou tuer son voisin. En fait, un aspect important de ce que sont les libertés, c’est que les règles ne sont pas arbitraires. Ce débat existait déjà pour le port du masque. L’intérêt privé d’une personne doit être sacrifié pour l’intérêt public.  Par ailleurs, je n’ai pas vu de manifestations pour protester contre l’arrestation arbitraire de Roman Protassevitch, journaliste opposant politique au président biélorusse. Dans ce cas, il y a clairement un précédent dangereux car le président biélorusse a envoyé des avions de chasse pour forcer un vol commercial à se poser afin d’arrêter un opposant politique. Dans ce cas, la liberté d’expression est clairement bafouée car il n’est pas interdit de s’exprimer en Biélorussie, si elle est en accord avec le président. Ensuite, les références à l’étoile jaune, aux plus sombres pages de notre histoire, est plus que douteux. C’est indécent et une innommable insulte pour les rescapés du Vel d’hiv. C’est faire bien peu de cas de ces personnes qui, parce qu’elles étaient juives, ont été déportées et tuées. C’est particulièrement choquant de faire cette comparaison. Force est de constater que c’est à l’extrême droite où on minimise les faits. Donc, arguer que c’est une question de liberté n’est pas un argument très convaincant, d’autant plus que ne pas se faire vacciner signifie que les personnes à risque (donc une minorité) devrait se priver d’activités parce qu’elles seraient constamment exposées à un danger mortel. En réalité, si tu es pour la liberté, tu devrais te faire vacciner parce que tu ne voudrais pas qu’une minorité (les immunodéprimés) soient discriminés en raison de leur système immunitaire plus faible. Cela ne signifie néanmoins pas que la question n’est pas complexe car il y a plein de raisons morales d’être vacciné, mais on doit aussi accepter que c’est quelque chose de particulièrement intime que d’injecter un produit à l’intérieur de son corps. Cette question éthique est bien développée dans un article écrit par Travis Rieder. Dans cet article, il explique que l’argument simple est de dire que les bénéfices surpassent les risques donc on doit se faire vacciner, mais ce n’est pas un argument moral. En effet, on peut faire librement du base jump alors que les risques sont élevés et les bénéfices faibles. En revanche, la vaccination est une question morale car elle affecte les autres, en diminuant le risque de transmission et d’apparition de nouveaux variants. Notre liberté est limitée par la souffrance qu’on peut engendrer chez les autres. En d’autres termes, on n’a pas le droit de risquer la santé des autres, ce qui doit donc t’obliger à faire ta part pour réduire les infections et la transmission. Cependant, on pourrait retourner comme argument que « ma liberté est limitée par une toute petite contribution que mes actions ont comme impact au niveau collectif ». Par ailleurs, ne pas être vacciné ne menace pas une personne en particulier. En fait, c’est une toute petite contribution à la nuisance collective. Donc, comme aucun individu ne peut à lui seul arriver à l’immunité de masse, ni empêcher l’apparition d’un nouveau variant, est-ce réellement un devoir de réaliser une si petite contribution ? La réponse à cette question a été explorée dans le cas du changement climatique, et la réponse est que ce n’est pas ton devoir si ton action ne fait pas un changement significatif. Cependant, tout le monde n’est pas d’accord avec ce point de vue, et certains pensent que chaque petite action individuelle peut en réalité faire une différence pour obtenir des effets collectifs d’ampleur.  Dans le cas de la vaccination, la probabilité de sauver une vie en réduisant la transmission est faible mais sauver une vie a une grande valeur. Donc, ce qu’on peut avoir comme résultat par la vaccination (sauver au moins une vie) est suffisamment élevé pour justifier que ce soit une nécessité morale. Par ailleurs, les actions individuelles ne font pas une différence significatif à grande échelle, mais cela ne signifie pas que la moralité doit être silencieuse au regard de ces actions. Par exemple, l’équité, les vertus ou l’intégrité recommandent toutes de prendre des actions individuelles en faveur d’un but collectif, même si l’action en elle-même ne fait pas la différence. On peut également se poser la question sous un autre angle : la question n’est pas de savoir si cela va changer quelque chose au niveau global, mais si j’ai des raisons de le faire même si cela n’implique pas une obligation d’agir. Ensuite, concernant les contours de l’obligation, il est nécessaire de s’intéresser à la nature des obligations. Une obligation requiert de réaliser des actions, et, en tant que telle, ces actions semblent souvent coûteuses aux membres de la communauté. La question qu’on peut donc se poser est de savoir s’il y a une base morale pour demander aux autres d’être vacciné. Une réponse qu’on peut apporter est que les actions particulièrement intimes, comme une relation sexuelle ou une grossesse, sont des demandes illégitimes. Donc, est-ce qu’être vacciné est quelque chose d’intime ? On injecte finalement un produit dans notre corps, c’est donc, l’intimité de notre corps qui est mise en question. En fait, c’est vrai pour la plupart des actes médicaux, et il semble inapproprié, sur la base d’une autorité morale unilatérale, de demander à quelqu’un ce qu’il va advenir de son corps. Donc, en tant que membre de la communauté, on ne peut pas exiger de toi que tu te vaccines, mais cela ne signifie pas qu’on ait à rester silencieux. On peut encourager, en faire la requête. En définitive, il y a une multitude de raisons morales pour être vacciné,  mais ces raisons n’en font pas que c’est un devoir. C’est pour cela que cela semble plus judicieux d’inciter que de forcer. Néanmoins, dans la décision, il faut peser les pours et les contres. Au final, dans les contres, il y a la possibilité d’effets secondaires inconnus qui surviendront à un moment inconnu. Dans les pours, se protéger, protéger les autres, diminuer le risque d’apparition de nouveaux variants (ce qui n’est possible que si on pense globalement la chose), éviter une nouvelle saturation des hôpitaux et donc un nouveau confinement.
  • Mais même si on est tous vaccinés, peut-on être sûr qu’il n’y aura pas de nouveaux variants ou de saturation des hôpitaux.
  • Non … mais si le nombre de vaccinés n’est pas suffisant, c’est beaucoup plus probable que cela arrive.

Nicolas Stefaniak

Mettre à jour easieR

Dès qu’un bug est identifié, des corrections du package sont réalisées. Par ailleurs, de nouvelles fonctionnalités sont régulièrement ajoutées à easieR. Dès lors, pour pouvoir en profiter, il est utile de pouvoir faire une mise à jour. En d’autres termes, la procédure décrite ci-dessous est utile pour les personnes qui ont déjà installé easieR et qui veulent le mettre à jour. La procédure la plus sûre pour atteindre cet objectif est :

1) d’ouvrir R (si R est déjà ouvert, fermez R au préalable pour vous assurer que des packages ne sont pas chargés)

2) copier coller les lignes de commandes ci-dessous : 

p<-installed.packages()
update.packages(p, repos="http://mirror.ibcp.fr/pub/CRAN", dependencies=T, ask=F)

library(devtools)
# vérifier s'il n'y a pas de message d'erreur lors de l'installation
 install_github("NicolasStefaniak/easieR") 

# charger easieR
library(easieR)

# vérifier que tous les packages sont correctement installes
ez.install() 
# si à côté de packages mal.installés, il y a character(0), 
# cela signifie que tout est installé correctement

Voici les dernières mises à jour :

  • les sorties html ont été améliorées : les tableaux sont aux normes de l’apa et les effets significatifs apparaissent en rouge.

Si vous voulez être tenu au courant des grosses mise à jour de easieR, n’hésitez pas à vous inscrire à la newsletter (qui ne sera utilisée qu’à cette fin).

Episode 2 : la légende de la croissance

Prérequis : pour comprendre l’histoire suivante, connaître la métaphore des cailloux  facilitera la compréhension.

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Il était une fois deux pots en verres. Dans ces pots en verre (la France et les USA), il y avait des gros cailloux (les milliardaires), ils étaient peu nombreux. Il y avait aussi des plus petits cailloux (les millionnaires), plus nombreux, une infinité de grains de sable (les gens qui font attention pour pouvoir vivre décemment), et de l’eau (toutes les personnes dont on ne se soucie pas assez quand on parle d’argent, de croissance, et d’économie, parce qu’elles ne produisent pas ou plus de richesses…). Ces deux pots grandissaient la plupart du temps. C’était leur croissance (la croissance est l’objet statistique de cette seconde histoire). Parfois, l’un rapetissait (c’est la récession), mais il n’y avait rien d’inquiétant. C’était deux grands pots en verre bien solides, qui finissaient toujours par grandir à la fin.

Parfois, les deux pots grossissaient de manière similaire, mais la plupart du temps, un des deux pots  grossissait moins que l’autre (les USA ont une croissance supérieure à la France, bien que la tendance pourrait s’inverser au moment de l’écriture de ces lignes). Les grains de sable du petit pot étaient terriblement jaloux du gros pot. Il voyait son voisin grandir plus vite que lui et il voulait faire la même choses. Le plus petit des pots se disait que, s’il était plus gros, il y aurait plus de place et tout le monde se sentirait moins serré (bref, les gens deviendraient miraculeusement riches). Le petit pot ne voyait pas un importantissime détail : le gros pot laissait plus de place aux grands cailloux, mais les grains de sables restaient aussi fin et aussi nombreux. On pourrait se dire que, dans le gros pot, les grains de sable sont plus gros et quand on regarde la salaire moyen, c’est ce qu’on observe (salaire moyen par pays). Cependant, il suffit que quelques grains de sable soient un peu plus gros pour que la moyenne augmente, c’est pourquoi il faut utiliser un meilleur indicateur : la médiane. Cet indicateur va déterminer la valeur pour laquelle la moitié de la population a un salaire inférieur et l’autre moitié un salaire supérieur. Ainsi, les indicateurs présentés ici sont bien plus informatifs. En effet, on peut y constater que près de 43% des grains de sables sont tout petit (ils gagnent moins de 25000 dollars par an). Peut-être estimeriez-vous que le grain de sable américain n’est pas plus petit que le français. Cependant, réfléchissez à quelques aspects à présent : le temps nécessaire au grain de sable américain pour faire sa place est de 2080 heures alors qu’il est de 1600 heures en France. Si le grain de sable américain tombe malade, il n’a pas de sécurité parce qu’il n’y a pas de sécurité sociale (bien que cela se soit amélioré avec l’obamacare mais il pourrait être mis à mal avec la nouvelle administration). Enfin, si le grain de sable américain montre à quel point il est gros (e.g., utilise tout son argent), il n’aura plus rien lorsque il sera trop âgé pour encore tenté de grossir (bref quand il sera à la retraite) et bien ils risquent très fortement de devenir des gouttes d’eau s’ils n’ont pas fait des réserves d’énergie (bref sans économie, quasiment pas de retraite puisque la moitié des retraites est issue des plans d’épargne) .

Ce qu’il faut retenir

Nous avons vu avec la sorcière de Breitbart que les chiffres ne peuvent être comparés qu’à une condition : ils doivent avoir été récoltés de la même manière.

Dans cette histoire, l’objectif est de mettre en avant qu’il faut utiliser le bon indicateur pour rendre compte de l’information. Ainsi,  nous avons vu que la croissance était peu informative, que le salaire médian serait déjà plus intéressant, mais reste insuffisant car il ne prend pas en compte les différences en termes de sécurité sociales, d’aides et de traitement après la retraite.

Il faut donc s’assurer de la réalité qui est mesurée dans le recueil des chiffres. Les chiffres ont du sens. Quand on vous présente ces chiffres, à vous d’identifier l’intention de la personne qui vous les présente, et à vous de leur donner du sens.

Mise à jour de easieR : easieR1.7.16

easieR.1.7.16 est à présent disponible.

Les nouveautés :

  • easieR est plus robustes
  • Les statistiques bayesiennes ont été ajoutées pour les chi deux, le test de McNemar, les t de Student, les corrélations, et les régressions.
  • Les analyses factorielles confirmatoires sont disponibles.
  • Les analyses factorielles exploratoires de second ordre sont disponibles.
  • Il est possible d’utiliser easieR en ligne de commande pour les chi carrés, les test de Student, les régressions, les régressions logistiques, les corrélations, les analyses factorielles et de composantes et les analyses de fiabilité.
  • On peut écrire son modèle dans les régressions et régressions logistiques.
  • Les graphiques ont été améliorés et enrichis considérablement.

Prochainement :

  • Développer les statistiques bayesiennes, les graphiques et la ligne de commande pour les analyses de variance.
  • Compléter la régression logistique.
  • Intégrer à l’interface des outils pédagogiques.
  • Intégrer à l’interface l’option permettant l’importation de données par copier coller.

Beaucoup d’autres fonctionnalités sont prévues, mais apparaissent secondaires par rapport à celles décrites ci-dessus.

N’hésitez pas à me faire des suggestions.